Президент України Віктор Ющенко збільшив чисельність апарату Ради національної безпеки і оборони з 241 до 257 чоловік. Про це сказано в Указі Президента №2/2006 «Про деякі питання апарату Ради національної безпеки і оборони України», текст якого розміщено на сайті глави держави.

Крім того, Указом Президент ввів у структурі апарату РНБО посаду голови Комітету з політики військово-технічної співпраці й експортного контролю при Президентові.

Після змін, структура апарату РНБО має такий вигляд: секретар РНБО, перший заступник секретаря РНБО, 4 заступники секретаря РНБО, голова Комітету з політики військово-технічної співпраці й експортного контролю при Президентові, служба секретаря РНБО, Департамент з питань військової безпеки, Департамент зовнішньополітичних аспектів національної безпеки, Департамент з питань економічної, соціальної і екологічної безпеки, Департамент з питань державної безпеки, Департамент організаційно-технічного забезпечення, Управління стратегічних розробок, служба забезпечення діяльності Комітету з питань розвідки, служба зі зв'язків з громадськістю, контрольне управління і юридична служба.

"Радiо - ЕРА"