При электронномикроскопическом исследовании находят изменения эндотелиальных клеток (пролиферация, образование микроворсинок на изменения эпителиальных клеток (очаговое слияние педикул), увеличение числа клеток в мезангиуме, утолщение базальной мембраны и массивные осмиофильные депозиты. Обычно депозиты располагаются субэндотел иа л ьно (между базальной мембраной и эндотелиальными клетками), реже — интрамембранозно и в субэпителиальной области (Farquhar et al., 1957, 1969; Spiro, 1959; Grishman et al., 1963). Иногда небольшие плотные депозиты откладываются и в цитоплазме эпителиальных и мезангиальных клеток. В случаях с субэпителиальными депозитами обычно находят разрывы в наружном, реже во внутреннем слое базальной мембраны. Comerford и Cohen (1967) обнаружили плотный материал и внутри просвета капилляров клубочка. На основании этого они пришли к заключению, что осмиофильный материал образуется в крови и переносится в клубочковые капилляры, где и располагается субэндотелиально; при нарушении проницаемости базальной мембраны депозиты располагаются и субэпителиально. Что касается происхождения осмиофильного материала, то предполагается, что он состоит из специфически отложившихся иммуноглобулинов и комплемента вместе с фибрином (или его предшественниками и производными).
Изменения, характерные для СКВ, могут наблюдаться в отдельных капиллярных петлях части клубочков. В таких случаях можно говорить об очаговом волчаночном нефрите. Иногда поражаются почти все клубочки (диффузный волчаночный нефрит, прогностически более тяжелый). Американские авторы предлагают различать «локальный» нефрит (с поражением отдельных сегментов клубочка) и «фокальный» (с поражением части клубочков). В русской литературе оба эти термина обозначаются словом очаговый нефрит, хотя можно говорить и об очагово распространенном нефрите.