Считается, что название острова происходит от имени половецкого хана Тугорхана – в конце XI века на острове находилась резиденция его дочери – жены киевского князя Святополка. Труханов начал серьезно застраиваться в конце XIX ст., с развитием пароходства на Днепре. Здесь расположились судоверфи, яхт-клуб, парк «Эрмитаж», в 1895 году появился телефон – связь провели на дачу пароходного магната Марголина.

В 1907 году городская дума разрешила заселять остров. К тому времени на нем обитали 130 самоселов, работавших на судоверфи. Довольно быстро на Трухановом обустроили центральную базарную площадь (Запорожскую), проложили улицы с географическими названиями: Днепровская, Конотопская, Полтавская. В 1909 году за деньги Марголина выстроили школу-училище, а в 1910 году освятили каменную церковь Святой Елизаветы – в честь Елизаветы Треповой, киевской генерал-губернаторши, помогавшей строительству.